正山小种和金骏眉的差异有四点：首先是选料不同，正山小种使用茶叶的1芽3叶，而金骏眉则只选芽头。其次是工艺不同，金骏眉的制作途中基本沿袭了正山小种的传统工艺，但是两者还是存在差异，金骏眉只进行部分烟熏，而正山小种在萎调和烘焙时使用松柴进行烟熏。口感方面，金骏眉会比正山小种更为甘甜、芳香，而金骏眉也更加适合泡茶。最后是外形方面，金骏眉外形细长，表面带有金色的毫尖，茶汤呈淡金黄色，而正山小种外表紧结匀称，带有铁青色，茶汤呈明橙色，比金骏眉的茶汤更为浓郁。值得注意的是，金骏眉比正山小种更贵一些。