首先，产地是两者最明显的区分。闽北水仙主要产于福建北部的建阳县，而闽南水仙则产于福建南部的多个县市。闽南水仙的产量比较大，在市场上较为常见。
其次，闽南水仙和闽北水仙外观也有不同。闽南水仙的条索紧结，色泽为沙绿色，表面有柔润的光泽；而闽北水仙外形匀整，色泽为砂绿色，表面有八色斑点，两者放在一起对比时区别比较明显。
除此之外，闽南水仙和闽北水仙在香气滋味上也有明显差异。闽南水仙带有天然的兰花香味，冲泡后茶汤为黄亮色，滋味甘醇、鲜爽，可反复冲泡多次。而闽北水仙的茶汤为红色，颜色非常明亮，滋味醇厚，有诱人的茶香，兰花香味比较淡，耐泡性比闽南水仙略差。
最后，闽南水仙和闽北水仙加工工序也有所区别。闽南水仙注重外形卷曲简洁，因此加工时有包揉工序并重复执行多次；而闽北水仙形态普通，不需包揉工序。
总的来说，闽南水仙和闽北水仙虽然都是水仙茶，却有各自的特点。对于茶叶爱好者来说，它们都值得品尝和探索。