1. 品种不同：普通陈皮主要来自于芸香科的福橘、温州蜜柑等干成熟果皮，而新会陈皮则来自于广陈皮，即芸香科的茶枝柑、干成熟果皮。
2. 产地不同：普通陈皮主要产于福建、四川、浙江等地，而新会陈皮则只产于广东新会，是广东省道地药材。
3. 工艺不同：普通陈皮要经过三蒸三晒等繁杂的加工工艺才能入口，而新会陈皮从采摘到晒制，没有任何现代加工工艺，只靠天然晾晒，在晾晒后自然陈化，最少需要晾晒三年以上，才能算是新会陈皮。
4. 成分（功效）不同：新会陈皮和普通陈皮在成分上有明显差异，新会陈皮的挥发油含量高达24种以上，相比之下，普通陈皮品种仅有10种或更少，且药用及食用价值较低。因此，新会陈皮的药用价值更高。